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主人公腦外科醫生南方仁從現代穿越時空回到古代幕府，運用現代的醫療技術拯救了許多江戶人民，並和幕府末期英雄阪本龍馬、勝海舟等進行交流。

第一集
自從南方仁陰差陽錯地來到了江戶時代之後已經過去了兩年。有一天，仁看到了橘咲的樣子有一些失落，很是在意，於是便登門拜訪，從咲的哥哥恭太郎那裏得知，其母親榮得了腳氣。據恭太郎表示，幾天前咲因為擔心母親的身體而回到了家，卻因此而使得婚事告吹，榮為此感到很生氣，之後甚至都不允許其踏入家門。仁打算要幫助榮，考慮到其喜歡吃甜的東西，所以仁決定利用某種點心來治療她的腳氣……
某日，阪本龍馬為了向仁尋求幫助，特地從京都趕來。據阪本龍馬稱，勝海舟的師父佐久間象山遭人襲擊，身負重傷，處於瀕死的狀態。考慮到幫助對於時代有著巨大影響的重要人物，將很有可能會改變歷史，仁對此也是感到很困惑，不過他還是跟著龍馬來到了京都。在仁的竭力治療下，象山總算是保住了一條性命。就在此時，從意識恢復的象山口中，得知了一件驚人的事實…… 　
之後仁便留在了京都，專心為那些在長州與薩摩的戰爭當中受傷的人們進行治療，卻不料又被突然出現的新選組帶走，來到了身在薩摩藩邸的西鄉隆盛的面前。西鄉身患蟲垂炎，必須要馬上切腹進行緊急手術，否則就將會有生命危險……

第二集
由於南方仁提出的安道名津作為一種治療腳氣的點心確有奇效，因此該物也是很快地便在整個江戶城內都傳開了。某一日，奧醫師、同時也是來自於西洋醫學所的人士松本良順前來拜訪仁，並且表示因皇女和宮被疑患有腳氣，希望仁能夠為其獻上安道名津。這原本是一件非常光榮的事情，橘咲等“仁友堂”的眾人們對於此事也是感覺到非常地高興，但是仁卻因為擔心歷史會因此而再一次發生改變，所以一個人在那兒煩惱著……
在此期間，仁與被趕出長屋、正在四處重新尋找工作的野風再一次相遇。仁對野風的事情很是掛心，因此極力地勸說野風希望她能夠進入到“仁友堂”工作，幫助“仁友堂”度過了經營危機的咲也是非常地歡迎野風的加入……
數日以後，最終下定了決心願意將安道名津獻上的仁，與咲一起前去拜訪和宮。在平安獻上之後，看著和宮津津有味地吃著東西的樣子，仁也是暫時松了一口氣。可是沒過多久，和宮卻突然當場倒地……！？

第三集
由於皇女和宮突然倒下，因此南方仁和橘咲所獻上的安道名津裏面被懷疑含有砒霜，兩個人以毒殺未遂的罪名被關進了大牢裏面。被關進了大牢的仁，遭到了牢名主以及其手下人的一陣毒打，然而這還不算完，接下來等待著他的則是來自於官府人員們的嚴刑拷打。對此，仁也是做好了死的覺悟，認為這也許就是上天對他所下達的制裁。而就在此時，勝海舟、阪本龍馬、橘恭太郎與新門辰五郎等人為了救出仁，決定與幕府進行對抗，暗自地展開了行動……
而另一方面，在得知了仁遭到了逮捕的消息之後，仁友堂的眾人們也是開始陷入了一片混亂的狀態，佐分利祐輔認定之所以會造成現在這樣的局面，完全都是醫學館的原因，因此開始責備起了醫學館出身的福田玄孝，而福田則是拼命地向被委以調查此次案件的醫學館督事多紀玄琰發出請求，希望他能夠再一次公正地進行調查。然而，這種小人物的請求根本就不可能會起到任何的作用，已經被判處了死罪的仁也是開始被送往奉行所……

第四集
此前一直投身於薩摩藩的阪本龍馬，與同伴一起來到了一家名為“龜山社中”的海運商社，之後，他又與同樣是來自於土佐的脫藩浪人、寄身於長州藩的中岡慎太郎相遇，兩個人很快地便興趣相投、相見恨晚，並且開始以長州和薩摩之間關系的和解為目標而堅持不懈地努力。
 　　某一天，南方仁正在摸索如何將青黴素粉末化，此時多紀玄琰突然來訪，並且表示是接受了來自於幕府的委托，希望其能夠幫助治療川越藩主的妻子惠姬所患腫瘤。仁最終接受了此次的委托，與橘咲一起前往川越。在中途停在一家客棧住宿的時候，仁與一個名叫阿初的少女相遇。在與她接觸的那一瞬間，仁感覺到如同是觸了電一般……
仁與咲在到達川越藩之後，立刻準備開始要為惠姬進行腫瘤的治療，然而卻遭到了惠姬的拒絕。後來在咲的百般勸說之下，惠姬終於是同意了接受治療。在經過了診斷之後，仁判定惠姬的腫瘤是良性的，只要是通過手術便可以成功地摘除，不過由於惠姬同時還患有貧血的癥狀，倘若就這樣進行了手術的話，最終很有可能會導致惠姬失血過多而死，為此仁和咲兩個人也是感覺到十分地為難……

第五集
南方仁完全不顧自己身體上的不適，努力地對阿初進行著治療。然而盡管如此，阿初最後還是不幸地失去了生命。仁帶著內心的悔恨與空虛，與橘咲一同回到了“仁友堂”，卻又從勝海舟那裏得知了阪本龍馬在寺田屋遭到了襲擊的消息。由於沒有能夠救回阿初的性命而痛感自己的無能的仁，對於“阪本龍馬遭遇暗殺”這一具有史實性的事件也是開始感覺到了不安……
就在此時，澤村田之助親自前來拜訪仁，並且希望他能夠幫忙給自己臥病在床的兄弟阪東吉十郎進行治療。吉十郎身患的是雷諾氏癥候群，手指和腳趾都已經開始逐漸呈現出了潰瘍化癥狀，為了保住性命已經是到達了不得不將手和腳都通通切除的地步。不過，吉十郎由於希望能夠最後站在舞臺之上表演一次，因此他也是懇求仁可以再努力幫他支撐一個月。仁對此雖然 有一些為難，但是出於對患者想法的尊重出發，他最終還是答應了吉十郎的請求，並與佐分利祐輔等“仁友堂”的同伴們一起，開始努力地對吉十郎展開了治療，然而……

第六集
為了促進青黴素的普及，南方仁來到了位於長崎縣的精得館進行演講。然而，仁此次的長崎之行並非只是為了普及青黴素，其他他還有一個更加重要的目的，那就是要將阪本龍馬即將會被遭到暗殺的事情通知他本人。
 　　就在仁始終沒有見到對方，打算就這樣中途放棄的時候，龍馬卻突然出現在了他的面前。雖然對於能夠成功地見到龍馬，仁也是感覺到非常地高興，然而如今的龍馬，已經不是仁當初所認識的那個龍馬了。龍馬通過各種途徑將武器搞到手，並且將這些武器出售給正在與幕府進行戰爭的長州，從中賺取錢財。仁在了解到了這一切之後，也是懷著一種非常復雜的心情，陪同龍馬一起造訪了長州。
 　　在那裏，仁看到了大量的被龍馬出售的槍支所打中的幕府軍的死傷人員，而面對著這樣觸目驚心的場面，龍馬卻只是在一旁冷冷地觀看著，眼神當中看不出絲毫的動搖。如今的龍馬已經是一步一步地越來越接近了自己內心當中的黑暗，仁最終究竟能否將龍馬從迷途當中拯救出來呢！？

第七集
南方仁與阪本龍馬之間的想法始終是無法達成一致，因此仁就這樣離開了長崎，回到了位於江戶的仁友堂。此時，接到了來自於上役的命令的橘恭太郎，為了能夠打探到關於龍馬的消息，也是多次地造訪仁友堂。
 　　仁再一次試圖回憶起龍馬遭到暗殺的具體時間，但是卻始終是找不到任何的頭緒。而就在這個時候，劇烈的頭痛又一次襲擊了仁……
 　　一封野風寫給仁和橘咲的信被送到了仁友堂。在書信當中，野風表示自己即將要和一名法國人完成跨國婚禮，她希望仁和咲能夠一同前來參加她的婚禮。最終，人和咲接受了野風的邀請，前往橫濱與野風見面，然而在那裏，仁卻又從野風的口中得知有一位病人正在等待著他的救治……

第八集
1867年（慶應3年）秋天，天皇重新掌握政權，即歷史當中的“大政奉還”，而阪本龍馬也是開始了日夜奔走。另一方面，南方仁在對於龍馬的事情一直都是非常地在意的同時，也對即將面臨著生產、目前正身處在“仁友堂”當中的野風的身體狀況非常地擔心。而橘咲為了野風的事情也是開始四處奔波，到處尋找合適的產婆，為了能夠給野風的生育奉獻出自己的一份力量而每天堅持不懈地努力。然而，橘恭太郎卻是不斷地從幕府的上役那裏接到命令，要求繼續對龍馬的動向進行調查……
有一天，仁在進行了診斷之後得知，野風肚子當中的孩子為“逆生兒”，如果就這樣不采取任何的措施而將其生出來的話會非常地危險。於是，仁在“仁友堂”眾多好友的協助之下，試圖通過“整胎術”和“針灸”等方法將其肚子裏的胎兒還原，不過在把野風的身體放在第一位進行了深思熟慮之後，仁最終作出了一個重要的決定……

第九集
一直期盼著能夠讓這個國家得到重生的阪本龍馬，他的夙願“大政奉還”終於是得以實現，這一歷史事件也是標誌著持續了長達二百六十多年的江戶幕府時代的結束。而南方仁也是在此時回憶起，自己在現代的戀人友永未來曾經告訴過他“阪本龍馬在自己的生日那天死去”的這一史實，如今距離他遭到暗殺的日子僅僅只剩下一個月左右的時間了。下定決心一定要通過自己的力量拯救龍馬的仁，與橘咲、佐分利祐輔等人一同出發前往龍馬所在的京都。而另一方面，橘恭太郎卻又從上役那裏接到了一項命令……
雖然仁他們一心想要盡快地見到龍馬，但是即使他們找遍了整個京都的市中心，依然還是找不到龍馬的身影。就這樣，他們迎來了龍馬的生日11月15日這一天的到來。仁最終究竟能否成功地改變歷史！？而龍馬最終的命運又將會如何呢……！？