《猩球崛起》以深入淺出的故事探討人類文明與科技進化之間的沖突。
 　　故事的背景設在現代的舊金山，基因科學家威爾-羅德曼（詹姆斯·弗蘭克飾）為了治療人類神經萎縮類疾病研發了一種藥品，可以治療老年癡呆一類的病癥，新藥在黑猩猩身上做實驗時，發現可以大幅度提高其智力，癥狀眼睛變為綠色，智力達到人類水平，這只試驗成功的黑猩猩生下小猩猩後，為了保護其子母性爆發，襲擊了工作人員而被射殺。其後研究所被迫對剩下所有黑猩猩進行了安樂死。為了救新生的小猩猩，威爾收養了他並起名凱撒（安迪·瑟金斯飾），在餵養凱撒過程中，因治療猩猩的傷，威爾-羅德曼遇上了動物學家凱洛琳（芙蕾達·托飾）並相戀。
 　　凱撒因為遺傳其母的基因，從小就有很高的智慧，同威爾一家人一直幸福的生活著，直到在一次誤傷人類之後，凱撒被迫與威爾分離，並被送進了看護所。在那裏他受到了無情的對待，繼而開始對人類產生敵意。有著高智慧的凱撒不但順利逃離了看護所，且救走了同被囚禁的人猿。而此時已經證明這個藥品對人類是不可醫治的病毒，但是對猩猩無害而且能大幅提高其智慧，病毒已經開始傳播，形勢在逆轉，一場不得不與人類對立的戰爭即將開始，浩劫的最後的勝負，將決定全世界生存的未來！